Návrh zákona posilňuje inštitút vnútorného kontrolného systému v orgánoch verejnej správy a zjednodušuje výkon finančnej kontroly. Orgány verejnej správy budú povinné vytvoriť a udržiavať funkčný vnútorný kontrolný systém pozostávajúci z kontrolného prostredia, riadenia rizík, kontrolných činností, informačného toku a monitorovania. Finančná kontrola sa zjednoduší - namiesto súčasného systému základnej, administratívnej a na mieste vykonávanej kontroly budú orgány vykonávať len jednu finančnú kontrolu. Ak sa pri finančnej kontrole poskytnutia verejných financií nezistia nedostatky s vplyvom na poskytnutie, orgán nemusí vypracovávať správu. Rozširuje sa možnosť vykonávania vnútorného auditu aj na orgány verejnej správy, ktoré nie sú správcami kapitoly štátneho rozpočtu. Návrh zrušuje Úrad vládneho auditu a presúva všetky jeho kompetencie na Ministerstvo financií SR, čím sa očakáva úspora približne 1,3 milióna eur ročne na osobných výdavkoch. Zmeny nadobúdajú účinnosť 1. januára 2026.