Zákon zavádza povinnú elektronickú fakturáciu a digitálne oznamovanie fakturačných údajov finančnej správe, a to v troch fázach. Od 1. januára 2026 vstupujú do platnosti opatrenia proti vyhýbaniu sa registrácii pre DPH: daňový úrad bude môcť z vlastnej iniciatívy zaregistrovať skupinu navonok samostatných firiem, ktoré spoločne obchádzajú povinnosť platiť DPH, ako jedného platiteľa (tzv. registrácia skupiny z úradnej moci). Zároveň sa rozširuje osobitný spôsob úhrady dane, pri ktorom môže daňový úrad uložiť odberateľovi povinnosť zaplatiť DPH priamo na účet správcu dane vedený pre dodávateľa, ak hrozí, že dodávateľ daň neodvedie. Od 1. januára 2027 musia platitelia DPH usadení v SR vyhotovovať a prijímať faktúry výlučne v štruktúrovanom elektronickom formáte (v súlade s európskou normou EN 16931, v praxi najmä formát Peppol BIS 3.0) pri tuzemských obchodoch medzi podnikateľmi (B2B). Elektronickú faktúru bude povinný prijímať aj každý odberateľ – zdaniteľná osoba alebo nezdaniteľná právnická osoba usadená v SR. Súčasne vzniká povinnosť zasielať a prijímať faktúry cez certifikovanú doručovaciu službu (tzv. Peppol sieť) a automaticky oznamovať vybrané údaje z faktúr finančnému riaditeľstvu v čase ich vyhotovenia. Dodávateľ oznamuje údaje v momente vyhotovenia faktúry (najneskôr v posledný deň zákonnej lehoty), odberateľ do 5 dní od prijatia. Za nesplnenie oznamovacích povinností hrozí pokuta až 10 000 eur, pri opakovanom porušení až 100 000 eur. Od 1. júla 2030 sa povinnosť elektronickej fakturácie a digitálneho oznamovania rozširuje aj na cezhraničné dodávky tovarov a služieb v rámci EÚ, čím sa transponuje európska smernica ViDA (2025/516). Zároveň sa k tomuto dátumu ruší povinnosť podávať kontrolný výkaz aj súhrnný výkaz – tieto informácie budú finančnej správe dostupné priebežne z elektronických faktúr. Niektoré údaje (napr. zo zjednodušených faktúr a opravných dokladov) sa naďalej budú uvádzať v daňovom priznaní. Celkovým cieľom je znížiť daňové úniky a daňovú medzeru (v roku 2022 predstavovala na Slovensku vyše 1,4 miliardy eur), umožniť finančnej správe reagovať na podozrivé transakcie v reálnom čase a znížiť administratívnu záťaž firiem vďaka automatizácii spracovania faktúr. Na úpravu informačných systémov štátu (MF SR a FR SR) sa počíta s nákladmi do cca 15,7 milióna eur celkovo do roku 2028.