Návrh zákona upravuje a spresnuje viaceré ustanovenia Colného zákona na základe poznatkov z praktickej aplikácie. Hlavné zmeny zahŕňajú: precizovanie výkonu colnej kontroly mimo úradných hodín s možnosťou nastavenia nákladov vykonávacím predpisom; umožnenie zverejnenia zoznamu colných kódov na webovom sídle Finančného riaditeľstva (bez potreby zmeny zákona); vypustenie zastaraných ustanovení o vývozných náhradách; bližšie vymedzenie pojmu schválená charitatívna či dobročinná organizácia na účely oslobodenia od cla; predĺženie lehoty na oznámenie colného dlhu z 5 na 10 rokov v prípadoch trestného činu; zjednodušenie podmienok pre elektronické podpisovanie záruk; úpravu momentu doručenia elektronických správ cez systémy EÚ; doplnenie ustanovení o centralizovanom colnom konaní vyžadujúcom zabezpečenie dane; rozšírenie kategórií dočasne nevymožiteľných nedoplatkov; zavedenie nového mechanizmu na zánik nedoplatkov bez právneho nástupcu či v konkurznom konaní; rozšírenie zoznamu colných letísk o Letisko Malacky a Letisko Prešov. Väčšina zmien vstúpi do platnosti 1. júla 2025, zmena podmienok ručiteľských vyhlásení od 1. januára 2026.