Novela Colného zákona prináša viacero praktických zmien vychádzajúcich zo skúseností colných úradov. Výška poplatkov za colnú kontrolu mimo úradných hodín alebo na špeciálnom mieste sa prestane uvádzať priamo v zákone a bude stanovená vyhláškou ministerstva, aby mohla rýchlejšie reagovať na infláciu a ceny pohonných látok. Zoznam kódov potrebných pri vypĺňaní colných vyhlásení bude namiesto vyhlášky zverejňovať Finančné riaditeľstvo SR na svojom webe, čo umožní rýchlejšiu aktualizáciu. Charitatívne a dobročinné organizácie dovážajúce tovar oslobodený od cla dostanú jasnejšiu definíciu, kedy na toto oslobodenie majú nárok. Lehota, počas ktorej môže colný úrad dodatočne vyrubiť clo pri skutkoch s trestnými znakmi, sa predlžuje z 5 na 10 rokov. Pri celkovej colnej záruke (ručiteľskom vyhlásení) sa od 1. januára 2026 ruší osobitný slovenský vzor formulára a prechádza sa na jednotný európsky vzor; existujúce ručiteľské záväzky zostávajú v platnosti najdlhšie do 31. decembra 2030. Zákon tiež spresňuje moment doručenia colných rozhodnutí zasielaných cez európske informačné systémy (za doručené sa považujú okamihom sprístupnenia v danom systéme) a v centralizovanom colnom konaní zavádza povinnosť zabezpečiť daň pri dovoze ako podmienku vydania povolenia. Nedoplatky colných úradov (okrem cla) zaniknú, ak dlžník zomrel bez nástupcu, zanikol bez právneho nástupcu alebo bol oddlžený v konkurze; nedoplatky, u ktorých táto situácia nastala pred 1. júlom 2025, zanikajú v tento deň. Do zoznamu colných letísk pribúdajú vojenské Letisko Malacky a Letisko Prešov. Zákon nadobúda účinnosť 1. júla 2025, zmena vzoru ručiteľského vyhlásenia 1. januára 2026.